English version  

Analizy bioinformatyczne

Analizy z zakresu bioinformatyki

Dla uczelni, samodzielnych jednostek badawczych oraz innych instytucji naukowych oferujemy analizy bioinformatyczne danych z zakresu genomiki mikroorganizmów, mikrobiologii środowiskowej oraz mikrobiologii klinicznej.

Genomika mikroorganizmówGenomika mikroorganizmów

  • adnotacja manualna genomów bakteryjnych (chromosomów, plazmidów i bakteriofagów)
  • klasyfikacja białek (przypisywanitte potencjalnej funkcji białkom, klasyfikacja COG, nadawanie numerów EC etc.)

mikrobiologia-srodowiskowa

Mikrobiologia środowiskowa

  • analiza amplikonów (np. 16S rDNA), w tym „obróbka” surowych danych, klasyfikacja w odniesieniu do sekwencji referencyjnych, konstrukcja drzew filogenetycznych, analizy porównawcze z innymi próbami (konstrukcja heat maps)
  • wizualizacja i analiza danych otrzymanych z wykorzystaniem mikromacierzy fenotypowych BIOLOG oraz innych danych fizjologicznych – klastryzacja danych, konstrukcja dendrogramów

genetyczneAnalizy danych z zakresu mikrobiologii klinicznej

  • analizy filogenetyczne danych otrzymanych np. w wyniku badania MLST lub polimorfizmu sekwencji
  • typowanie Spa na podstawie uzyskanych sekwencji (dla Staphylococcus ureus)
  • analiza i wizualizacja (w formie dendrogramów) danych biologicznych np. antybiogramów, spoligotypowania, VNTR