Dla bezpieczeństwa zbiorów muzealnych, archiwalnych czy bibliotecznych ogromne znaczenie ma identyfikacja potencjalnego zagrożenia biodeterioracją ze strony mikroorganizmów oraz identyfikacja mikroorganizmów stanowiących potencjalne zagrożenie dla zdrowia ludzi pracujących ze zbiorami.
![a close up of a single strand](https://rdls.pl/wp-content/uploads/2024/05/ud98m9ohnmc-1024x724.jpg)
Dlaczego metody genetyczne?
Obecnie stosowane metody oznaczania liczebności i różnorodności mikroorganizmów zasiedlających badany obiekt zabytkowy opierają się o identyfikację makroskopową, mikroskopową i biochemiczną mikroorganizmów zdolnych do wzrostu na podłożach stałych.
Metody te nie dają pełnej informacji dotyczącej wszystkich mikroorganizmów, jakie na badanej powierzchni się znajdują.
Takie możliwości dają nam metody identyfikacji mikroorganizmów metodami genetycznymi z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS)
Metody te opierają się o izolację materiału genetycznego z badanej próbki i wykorzystanie go, jako matrycy do amplifikacji regionu zmiennego genu 16S rRNA bakterii oraz regionu zmiennego genu ITS grzybów. Są to fragmenty genów o unikalnym kodzie genetycznym dla każdego gatunku – tzw. fingerprint mikroorganizmu.
![](https://rdls.pl/wp-content/uploads/2024/05/fingerprint_600-1.png)
Następnie wykonuje się sekwencjonowanie metagenomowe poszczególnych amplikonów z wykorzystaniem technologii Illumina i sekwenatora MiSeq.
![](https://rdls.pl/wp-content/uploads/2024/05/miseq-illumina-1024x621.png)
Uzyskane w wyniku sekwencjonowania dane zostają przeanalizowane z wykorzystaniem specjalistycznego oprogramowania, które pozwala na identyfikację bakterii, grzybów czy archeonów w ilości nawet kilkudziesięciu tysięcy gatunków w jednej próbce.
Przeprowadzane przez RDLS Heritage analizy genetyczne obejmują
pobranie i utrwalenie próbek do izolacji DNA
izolację i oczyszczenie metagenomowego DNA
przygotowanie amplikonów DNA metodą PCR
sekwencjonowanie amplikonów
deponowanie sekwencji w bazach danych
kompleksową analizę bioinformatyczną uzyskanych sekwencji nukleotydowych:
krzywe wysycenia, analizy różnorodności mikrobiologicznej, analizy głównych składowych, heat maps
![](https://rdls.pl/wp-content/uploads/2024/05/badania_genetyczne-schemat.jpeg)
Dlaczego analizy metagenomiczne?
- Analizy metataksonomiczne pozwalają na identyfikację mikroorganizmów, których izolacja ze środowiska często jest trudna lub niemożliwa, lub które są w stanie uśpienia. Dzięki temu możemy zidentyfikować wszystkie mikroorganizmy które faktycznie zasiedlają badane środowisko.
- Możliwe jest również przeprowadzenie analiz metatranskryptomicznych mikroorganizmów zasiedlających daną powierzchnię czyli przeprowadzenie identyfikacji genów aktywnych. Dzięki temu możemy sprawdzić czy mikroorganizmy zasiedlające dany obiekt wykazują specyficzne aktywności np. celulolityczne, lipolityczne czy szlaki metaboliczne związane z syntezą barwników lub kwasów organicznych.
- Analizy możemy również uzupełnić metabolomicznymi, czyli zidentyfikować jakie substancje zostały wydzielone w trakcie wzrostu mikroorganizmów na badanej powierzchni obiektu. Dzięki temu możemy zidentyfikować przyczynę powstałych na obiekcie np. zmian kolorystycznych.
![](https://rdls.pl/wp-content/uploads/2024/05/diagram-badania-genetyczne-1024x993.jpeg)
![](https://rdls.pl/wp-content/themes/twentytwentyfour/assets/images/icon-message.webp)
Zapraszamy do kontaktu
+48 786 28 44 96
+48 22 554 19 07