Yellow Building Under Blue Sky

Analizy genetyczne

Oferujemy identyfikację mikroorganizmów metodami genetycznymi.

Oferta

Dla bezpieczeństwa zbiorów muzealnych, archiwalnych czy bibliotecznych ogromne znaczenie ma identyfikacja potencjalnego zagrożenia biodeterioracją ze strony mikroorganizmów oraz identyfikacja mikroorganizmów stanowiących potencjalne zagrożenie dla zdrowia ludzi pracujących ze zbiorami.

a close up of a single strand

Dlaczego metody genetyczne?

Obecnie stosowane metody oznaczania liczebności i różnorodności mikroorganizmów zasiedlających badany obiekt zabytkowy opierają się o identyfikację makroskopową, mikroskopową i biochemiczną mikroorganizmów zdolnych do wzrostu na podłożach stałych.

Metody te nie dają pełnej informacji dotyczącej wszystkich mikroorganizmów, jakie na badanej powierzchni się znajdują.

Takie możliwości dają nam metody identyfikacji mikroorganizmów metodami genetycznymi z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS)

Metody te opierają się o izolację materiału genetycznego z badanej próbki i wykorzystanie go, jako matrycy do amplifikacji regionu zmiennego genu 16S rRNA bakterii oraz regionu zmiennego genu ITS grzybów. Są to fragmenty genów o unikalnym kodzie genetycznym dla każdego gatunku – tzw. fingerprint mikroorganizmu.

Następnie wykonuje się sekwencjonowanie metagenomowe poszczególnych amplikonów z wykorzystaniem technologii Illumina i sekwenatora MiSeq.

MiSeq – Illumina

Uzyskane w wyniku sekwencjonowania dane zostają przeanalizowane z wykorzystaniem specjalistycznego oprogramowania, które pozwala na identyfikację bakterii, grzybów czy archeonów w ilości nawet kilkudziesięciu tysięcy gatunków w jednej próbce.

Przeprowadzane przez RDLS Heritage analizy genetyczne obejmują

pobranie i utrwalenie próbek do izolacji DNA

izolację i oczyszczenie metagenomowego DNA

przygotowanie amplikonów DNA metodą PCR

sekwencjonowanie amplikonów

deponowanie sekwencji w bazach danych

kompleksową analizę bioinformatyczną uzyskanych sekwencji nukleotydowych:

krzywe wysycenia, analizy różnorodności mikrobiologicznej, analizy głównych składowych, heat maps

Dlaczego analizy metagenomiczne?

  • Analizy metataksonomiczne pozwalają na identyfikację mikroorganizmów, których izolacja ze środowiska często jest trudna lub niemożliwa, lub które są w stanie uśpienia. Dzięki temu możemy zidentyfikować wszystkie mikroorganizmy które faktycznie zasiedlają badane środowisko.
  • Możliwe jest również przeprowadzenie analiz metatranskryptomicznych mikroorganizmów zasiedlających daną powierzchnię czyli przeprowadzenie identyfikacji genów aktywnych. Dzięki temu możemy sprawdzić czy mikroorganizmy zasiedlające dany obiekt wykazują specyficzne aktywności np. celulolityczne, lipolityczne czy szlaki metaboliczne związane z syntezą barwników lub kwasów organicznych.
  • Analizy możemy również uzupełnić metabolomicznymi, czyli zidentyfikować jakie substancje zostały wydzielone w trakcie wzrostu mikroorganizmów na badanej powierzchni obiektu. Dzięki temu możemy zidentyfikować przyczynę powstałych na obiekcie np. zmian kolorystycznych.

Zapraszamy do kontaktu

heritage@rdls.pl

+48 786 28 44 96
+48 22 554 19 07

Wróć do pozostałej oferty

Szczegóły informacji możliwych do uzyskania poprzez analizy metagenomiczne

Bezpośrednia identyfikacja mikroorganizmów
  • z próbek powietrza
  • z próbek pobranych z różnych powierzchni
  • z próbek o określonej masie, z biofilmów zasiedlających powierzchnie

Efekt końcowy: identyfikacja wszystkich mikroorganizmów obecnych w danej próbce powietrza lub próbce pobranej z powierzchni

Pośrednia identyfikacja mikroorganizmów wyrosłych na danym typie podłoża mikrobiologicznego

Sekwencjonowanie przeprowadza się dla materiału genetycznego izolowanego ze wszystkich mikroorganizmów zdolnych do wzrostu na danym podłożu mikrobiologicznym np. na agarze odżywczym czy podłożu Czapek-Doxa. Nie bierzemy pod uwagę typu obiektów zabytkowych, z których pobrano próbki.

Dzięki takiej analizie możemy stwierdzić, czy na podłożach dedykowanych dla danej grupy mikroorganizmów obserwujemy wzrost bakterii i/lub grzybów i jakie gatunki dominują na danym podłożu mikrobiologicznym.

Efekt końcowy: identyfikacja mikroorganizmów obecnych w próbce powietrza lub próbce pobranej z powierzchni, zdolnych do tworzenia kolonii na danym typie podłoża mikrobiologicznego – metoda pozwala na identyfikację bakterii i grzybów izolowanych metodami hodowlanymi, charakterystycznych dla danego rodzaju podłoża mikrobiologicznego

Pośrednia identyfikacja mikroorganizmów wyrosłych na podłożach mikrobiologicznych z próbek pobranych z różnych typów obiektów zabytkowych

Sekwencjonowanie przeprowadza się dla materiału genetycznego izolowanego z mikroorganizmów zdolnych do wzrostu na wszystkich podłożach mikrobiologicznych, na jakie wysiano próbki z danego typu obiektów zabytkowych, np. z rzeźb, mebli czy tkanin. Nie bierzemy pod uwagę rodzaju podłoży mikrobiologicznych, na które wysiano próbki.

Dzięki takiej analizie możemy stwierdzić, jakie mikroorganizmy zasiedlają poszczególne rodzaje obiektów zabytkowych i jakie gatunki dominują na danych obiektach.

Efekt końcowy: identyfikacja mikroorganizmów obecnych w próbce pobranej z danego typu obiektów zabytkowych, zdolnych do tworzenia kolonii po wysianiu na podłoża mikrobiologiczne – metoda pozwala na identyfikację bakterii i grzybów charakterystycznych dla danego typu obiektów zabytkowych, izolowanych metodami hodowlanymi.

Pośrednia identyfikacja mikroorganizmów wyrosłych na podłożach mikrobiologicznych z próbek pobranych w różnych pomieszczeniach

Sekwencjonowanie przeprowadza się dla materiału genetycznego izolowanego z mikroorganizmów zdolnych do wzrostu na wszystkich podłożach mikrobiologicznych, na jakie wysiano próbki z różnych typu obiektów zabytkowych pobranych w danym pomieszczeniu lub z próbek powietrza pobranych w danym pomieszczeniu. Nie bierzemy pod uwagę rodzaju podłoży mikrobiologicznych, na które wysiano próbki ani typu obiektów zabytkowych, z których pobrano materiał.

Dzięki takiej analizie możemy stwierdzić, jakie mikroorganizmy zasiedlają poszczególne pomieszczenia.

Efekt końcowy: identyfikacja mikroorganizmów obecnych w próbkach pobranych z obiektów zabytkowych lub w próbkach powietrza w danej lokalizacji, zdolnych do tworzenia kolonii po wysianiu na podłoża mikrobiologiczne – metoda pozwala na identyfikację bakterii i grzybów izolowanych metodami hodowlanymi charakterystycznych dla danego pomieszczenia.

Pośrednia identyfikacja mikroorganizmów wyrosłych na podłożach mikrobiologicznych z próbek pobranych z poszczególnych eksponatów

Sekwencjonowanie przeprowadza się dla materiału genetycznego izolowanego z mikroorganizmów zdolnych do wzrostu na wszystkich podłożach mikrobiologicznych, na jakie wysiano próbkę z danego obiektu zabytkowego. Nie bierzemy pod uwagę rodzaju podłoży mikrobiologicznych, na które wysiano próbki.

Dzięki takiej analizie możemy stwierdzić, jakie mikroorganizmy zasiedlają poszczególne eksponaty.

Efekt końcowy: identyfikacja mikroorganizmów obecnych w próbkach pobranych z danego eksponatu, zdolnych do tworzenia kolonii po wysianiu na podłoża mikrobiologiczne – metoda pozwala na identyfikację bakterii i grzybów izolowanych metodami hodowlanymi charakterystycznych dla danego eksponatu.